W Naruto shippuden Shino jest chuninem i nadal pozostaje członkiem drużyny 8.
Jego charakter prawie nie uległ zmianie. Stał się bardziej skryty, co manifestuje swoim nowym strojem. Zostaje przydzielony do 8-osobowej drużyny celu sprowadzenia Sasuke do Konohy. W czasie tych poszukiwań Shino wraz drużyną zostaje zatrzymany przez jednego z członków Akatsuki, Tobiego. Potem pojawia się Zetsu i mówi o śmierci Itachiego i wygranej Sasuke, a Tobi zaprzestaje walki.Kolejna próba sprowadzenia Sasuke zakończyła się porażką.